What ingredients were in the paella you ate last night?
答え２のほうは直訳と近いのですが、普通に言うと食事の中のことを聞く時に what is/was in the ~ になります。
例文 What was in the hamburger you had for lunch?
「ランチで食べたハンバーガーの中にはどんな食材が入っていたの？」
例文 What ingredients are in the soup?
「スープの中にはどんな食材が入れるの？」
参考になれば幸いです。
"What ingredients were in the paella you ate last night?"
"What ingredients were in the paella you ate last night?"
「昨夜食べたパエリアの中にはどんな食材が入っていたの？」
ingredients（食材、材料、具材）を使うことで、料理に使われている具体的な材料を詳しく尋ねることができます。
"What was in the paella you had last night?"
「昨夜食べたパエリアには何が入っていたの？」
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