What are the most popular sports where you live?と
What sports are the most popular where you live?はほぼ同じ意味です。
日本語でいうと「あなたの出身地で最も人気のあるスポーツはなんですか？」になります。
２つの違いは微妙ですがあります。
上のWhat are the most popular sportsは「何が一番人気のあるスポーツ？」で、
下のWhat sports are the most popularは「スポーツの中で何が一番人気のある？」になります。
どちらがよく使われているというと、下の方のWhat sports are the most popularは最も多く使われていると思います。
「人気のあるスポーツ」は、
"popular sports"
"the most played/watched sports"
"played"は「プレイされる」、"watched"「観戦される」という意味です。
「あなたの国で最も人気があるスポーツは何ですか？」と聞く場合は、
"What are the most popular sports in your country?"
"What are the most popular sports where you live?"
"What sports are the most popular where you live?"
ご参考になれば幸いです。
アメリカ合衆国 
日本 
