I don't understand the relationship between the Corona virus and the water shortage.
「コロナウイルスと水が品薄になる事の関係性がよく分からない」は英語で「I don't understand the relationship between the Corona virus and the water shortage.」という表現が良いと思います。
「“X”と“Y”の関係性がよく分からない。」を言う最も簡単な方法は「I don't understand the relationship between "X" and "Y".」です。