I don't understand the relationship between the Corona virus and the water shortage.
「コロナウイルスと水が品薄になる事の関係性がよく分からない」は英語で「I don't understand the relationship between the Corona virus and the water shortage.」という表現が良いと思います。
「“X”と“Y”の関係性がよく分からない。」を言う最も簡単な方法は「I don't understand the relationship between "X" and "Y".」です。
I don't get the connection between the shortage of water and COVID.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI don't get the connection between the shortage of water and COVID.
「水不足とコロナの関係がわからない」
to get「理解する・わかる」
the connection between A and B で「AとBの関係・関連性」
ご参考まで!