I don't understand the relationship between the Corona virus and the water shortage.
「コロナウイルスと水が品薄になる事の関係性がよく分からない」は英語で「I don't understand the relationship between the Corona virus and the water shortage.」という表現が良いと思います。
「“X”と“Y”の関係性がよく分からない。」を言う最も簡単な方法は「I don't understand the relationship between "X" and "Y".」です。
I don't get the connection between the shortage of water and COVID.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI don't get the connection between the shortage of water and COVID.
「水不足とコロナの関係がわからない」
to get「理解する・わかる」
the connection between A and B で「AとBの関係・関連性」
ご参考まで！
I don't really see the connection between the coronavirus and water shortages.
・I don't really see the connection between the coronavirus and water shortages.
「コロナウイルスと水不足（品薄）の間の関係性（つながり）がよく見えない（分からない）」という意味の表現です。see the connection で「関係性や因果関係を理解する・見出す」という意味になります。
・It's hard to understand how the coronavirus relates to water running out.
「コロナウイルスが水の品薄（底をつくこと）にどのように関連しているのか理解するのが難しい」
アメリカ合衆国 
カナダ 
