２つの文を比べたら、Call me when you wake up.の方が正しいです。
理由は、when I wake upは日本語で言うと「私が起きたら」という意味です。
そのため、Call me when I wake up.は「私が起きたら私に電話してください」になります。
文法的に間違ってはいませんが、「あなたが起きたら」という意味じゃありません。
ちなみに、wake upは「起きる」という意味で、get upも同じ意味です。
そのため、Call me when you get up.も言うことができます。
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