It was a deal which neither side got what was really wanted
どちらも本当に欲しい物が手に入らなかった取り引きだった と言いたい場合は
「It was a deal which neither side got what was really wanted」
momoさんの英訳はとても良いと思いますが、It was a deal "in" whichの Inは必要ありません、なぜならこの場合は この "in"は「中に」という意味になってしまうからです。
あと、Got what "it"のItは必要ありません、'it'だと人の間の物事ではなく、物や動物のことを指してしまうからです,この場合'was'が適切です
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