"to pay with"＝「～で支払う」
なので、"QR code"の代わりに"cash"や"credit card"なども同じフレーズで表せます。（to pay by cash/credit card)
もう少し詳しく言う場合は、"to pay by scanning the QR code" (scan=スキャンする）と言ってもいいと思います。
「QRコードで払えますか？」と聞きたい場合は"Can I pay with the QR code?"と言えます。
こんにちは。
さまざまな言い方ができると思いますが、下記のような英語表現はいかがでしょうか：
I made a QR code payment.
QRコード決済をしました。
I paid by QR code.
QRコードで決済しました。
QR code payment で「QRコード決済」と言えます。
ぜひ参考にしてください。
アメリカ合衆国 
