This is his real intention (and not the other one)
「彼の本来の目的」を"his real intention"と訳しましたが、intention (目的)を同義語である"purpose"に置き換えることもできます。
または"intention"を名詞から動詞にして、"What he actually intends to do is (to accomplish this goal/purpose/aim, and not the other one)"という言い方もできます。
この場合はintending=「しようとしていること」という意味になり、「目的」はgoal、purpose、またはaimという単語を使えると思います。
accomplishは「達成」という意味です。