a cross-section of a cube photographed by a microscope
1) a microscopic image of a cross-section of a cube
2) a photomicrograph of a cross-section of a cube
どちらも『立方体の断面の顕微鏡写真』となり、「を撮影した」の訳語は省かれています。a microscopic image の方が、a photomicrographよりも一般的に多く使われる分わかりやすい表現です。
3)a cross-section of a cube photographed by a microscope
動詞photographの過去分詞を使うことで、『顕微鏡で「写真撮影された」立方体の断面』となります。
文章の流れや文脈によって、どれがふさわしいかご判断ください。
少しでもご参考になれば、幸いです。