It took me a while to realize he was your brother.
I didn't realize he was your brother right away.
ーIt took me a while to realize he was your brother.
「彼があなたの兄弟だとはすぐに気がつかなかった。」
take a while to realize で「気がつくのにしばらくかかる」＝「すぐに気がつかない」
ーI didn't realize he was your brother right away.
「彼があなたの兄弟とすぐに気が付かなかった」
not realize ... right away で「すぐに気が付かない」
Even now that I know he's your brother, I still have trouble getting it in my head.
彼があなたの兄弟だと知った今でも、あんまりピンとこない。」
「あまりピンとこない」は I still have trouble getting it in my head. のように表現できるかと思います。
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