If you feel unwell, even just a little, please rest/take off/take a day off.
ご質問ありがとうございます。
「少しでも体調が悪い場合は休んでください」は英語で言いますと「If you feel unwell, even just a little, please rest/take off/take a day off.」になると思います。
「少しでも」は「Even just a little」と訳しました。
「体調が悪い」は「Feel unwell」です。
「休む」は「Rest」でもいいし、仕事や学校を休むのなら、「Take a day off」や「Take off]を言えます。
役に立てば幸いです。