ご質問ありがとうございます。
マイルストーンは和製英語ではありませんので、安心して使えます！中間目標が一つ以上ならmilestonesという複数形を使う必要があります。
上の英文では他の言い方も紹介いたしました。Set short-term goals for the projectではshort-term goalsの代わりにmilestone(s)を使えます。short-term goalが一つしかなかったら、Set a short-term goalになります。
最後に,setの代わりに、decideとかdetermineも使えます。
ご参考いただければ幸いです。
アメリカ合衆国 
