How long will it take for you to finish going through the vocabulary cards?
How long do you think you need to do the vocabulary cards?
この場合は次のように言うと良いかなと思います。
ーHow long will it take for you to finish going through the vocabulary cards?
「単語カードを終わらせるのにどのくらいかかる？」
How long will it take ...? で「どのくらいかかりますか？」
to finish going through で「〜をし終える」
vocabulary cards で「単語カード」
ーHow long do you think you need to do the vocabulary cards?
「単語カードをやるのにどのくらいの時間が必要だと思う？」
How long do you think you need ...? で「どのくらいの時間が必要だと思いますか？」
ご参考まで！
カナダ 
