この際の「跡」とは英語で "a mark" になります。「跡を残す」「跡が残る」とは "to leave a mark" が良いです。
Don't do that, it'll leave a mark! (If you do that, it will leave a mark.)
そうしないで、跡が残っちゃうから! (そうすると跡が残るよ。)
穴が開いちゃうとは "it'll open a hole" と言います。このようにも表現できます:
Don't pull that, it'll open a hole in your shirt!
引っ張らないで、シャツに穴が開いちゃうから!