日本人口の何割が日本人ですか？ って英語でなんて言うの？

"What percentage of the population in Japan is native Japanese?"でも問題ありません。 "population in Japan"を"Japan's population"と言っても良いと思います。 "native Japanese"でOKですが、"people"を付けると少し丁寧なニュアンスがあるので、場合によっては加えてもいいかと思います。