日本語を少し足して、「あなたがそうだと思っていいと私は思うよ」から考えた方が英語になりやすいと思います。
文の最後から訳していくと、「私は思うよ」から始めます。これは「I think」と言う意味ですね。
「思っていい」は「can think」または「may think」です。許可を表す「can」と「may」です。
「そうだ」は「that way」で、「あなたが」はもちろん「you」になります。
I think you can think of it that way.
それはそうだと思っていいと私は思いますよ。
「Can」を「should」に変えることもできます。
I think you should think of it that way.
それはそうだと思った方がいいと私は思いますよ。
もちろん、否定を入れて意味を変えることもできます。
I think you shouldn't think of it that way.
それはそうだと思わない方がいいと私は思いますよ。
ただ、「can」を「can't」に変えることはできません。
他人の脳は何を考える・思うことができるかはわかりませんので、「can't」を使うと不自然で、下手にすると相手をバカにしていると思われることがあります。一応例文と和訳を残します。
I think you can't think of it that way.
あなたはそれをその風に考えることができないと思います。