聞きたかった事はそういう事じゃないんだけどなぁって英語でなんて言うの？

(1) That is not what I wanted to know.
（私が知りたかったのは、それではないんです）

(2) That is not what I was talking about.
（私が話していたのは、それではないんです）

(3) That is not what I was asking.
（私が尋ねていたのは、それではないんです）

関係詞を利用します。

名詞節what 以下に目的語を抜いた文を置くことで、...なこと。...な何か。 という目的語を作ることができます。

What I wanted to hear from you;
私があなたから聞きたかった何か
という目的語。

It is not really what I wanted to hear from you.
それは、私があなたから本当に聞きたかったことではないよ。

つまり、そういうことを聞きたいんじゃないんだよな。
という意味になります。

このような文はallでも作れます。
関連
All I wanna say is that you don't really care about us.
私が言いたいことは、君が実は全く僕らのこと気にかけてないんじゃないか、ってことだよ。