ご質問ありがとうございます。
「~されていたのです」は"had been"を使うことが、この文脈では適していると思います。
「殺す」という動詞は"kill"=「殺す」、"murder"=「殺害する」、"assassinate"=「暗殺する」など、幾つかの単語が思い浮かびます。
「殺される」文脈以外での「~をされていた」は"He has been poisoned"=「彼は毒を盛られていた」,"he had been misinformed."=「彼は間違った情報を教えられていた」のように使えます。
「~されたのです」の場合は、"he was killed"、"he was murdered"と訳せます。
ご参考に!