Two pencils are pierced through an apple and a pineapple.
There are two pencils going through an apple and a pineapple.
ご質問ありがとうございます。
①
"Two pencils are pierced"＝「二本の鉛筆が突き抜いている」
"through an apple and a pineapple."＝「リンゴとパイナップルを」
(☆現在進行形を使って"Two pencils are piercing through"と言うことも可能です）
②
"There are two pencils going through"＝「二本の鉛筆が貫いています」
（同上）
ご参考に！
Two pencils are penetrating an apple and a pineapple.
Two pencils are going through an apple and a pineapple.
ご質問ありがとうございます。
「突き抜く」としてはpenetrateかgo throughかpierceなど色々な単語が使えます。
疑問文の単数が難しいです。もし、鉛筆がちょうど今果物を突き抜いていることであれば、上の回答の英文が使えます。もし、その果物がもう突き抜いていた状態であれば、pencils have penetratedとpencils have goneに訳します。
ご参考いただければ幸いです。
アメリカ合衆国 
