Don’t take this personally....は 前提となる言動などがあって、「それを個人的な意味で受け取らないでね」という意味です。
Don’t take this personally but we all need to get along with one another. 「個人的にな意味で受け取らないで欲しいんだけど、私たちみんなお互いと仲良くしないとね」。
と言う場合に使います。
ビジネスシーンなら
This a business decision, not personal. と言います。これは、
「この決定はビジネスで個人的な意味はないよ」と言う意味です。
参考までに!