書類をクリヤーファイルに入れて、整理しておきました。って英語でなんて言うの？

アメリカ人には、「clear file」だけ言うと、意味不明です。「clear plastic file folder」というと、理解してくれる確率が高くなります。

整理する は organize や arrange, 熟語ですと、straighten up, tidy up, sort outなどがあります クリアファイルは clear plastic folder で通じると思います。 入れるは put in （入れるものが、この場合のように代名詞ですと、put them in のように、put と in の間に入れます。普通の名詞でしたら、間に入れても、put in the paper のように、後に置いても、どちらでも構いません。） ですが、この場合。put を使わずに、in~だけでもOKです。（例文２） ご参考まで。