While taking this medicine, your body will get used to it and often the side effects will not bother you so much.
As you take this medicine, your body will adjust to it and the side effects won't bother you anymore.
「副作用」は英語で「side effect」です。
複数形の「side effects」でよく使われています。
「〜に慣れる」は「adjust to」または「get used to」です。
日本語では「薬を飲む」と言いますが、英語は普通は「drink medicine」と言いません。
「Take medicine」が正しい言い方です。
While taking this medicine, your body will get used to it and often the side effects will not bother you so much.
この薬を飲んでいるうちに、体が慣れてきて副作用がそんなに気にならなくなることが多いです。
As you take this medicine, your body will adjust to it and the side effects won't bother you anymore.
この薬を飲んでいるうちに、体が慣れてきて副作用が気にならなくなります。