こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
『これで話が繋がった』は、
いくつか言い方が考えられますが、この場合はシンプルに
Now I get the picture. と言えます。
get the picture は、『状況・全体像を理解する・把握する・頭の中に絵を描く』と言う時によく使われる表現です。
『Aの問い合わせとBの問い合わせが別々の会社から来ていて、同じ案件だったことを最後に気が付いた！』は、『もともと別々の会社から来ていた問い合わせは同じ案件だった』という『状況・全体像を理解した』とも言えるので、Ok, now I get the picture. として、『あぁ、そういうことだったのか、これで話がつながった。』という表現ができますね！
参考になれば幸いです。
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