If you keep your desk well-organized, you will be able to focus better on whatever that you need to do.
ご質問ありがとうございます。
"If you keep your desk well-organized"=「もし机の上を綺麗にしておくと」
"you will be able to focus better"=「もっと集中することができる」
☆"focus"の代わりに同義語である"concentrate"も使えます。
"on whatever that you need to do."=「あなたがしなければいけないことに対して。」
ご参考に!