I'm sure she didn't intend to leave her small child/children behind.
She wouldn't have chosen to leave her kid(s) behind.
直訳すると原文とはずれる感じがしますが、英語的にはこれで十分伝わると思います。
I'm sure she didn't intend to leave her small child/children behind.
彼女は子供を残して行きたくはなかったはずです。
She wouldn't have chosen to leave her kid(s) behind.
彼女は子供を残していくことを選ばなかったでしょう。
leave behindで「残してていく、置き去りにする」という表現です。
なお残されたお子さんは単数か複数か不明なので両方を併記しました。