I gave you a little extra just to finish off this bottle.
I hope you don't mind me putting in a bit more to empty this bottle.
ーI gave you a little extra just to finish off this bottle.
「このボトルを空けるのに少し余分に入れました」
a little extra で「少し余分に」
to finish off this bottle で「このボトルを空ける・空にする」
ーI hope you don't mind me putting in a bit more to empty this bottle.
「このボトルを空にするのに少し多めに入れましたが良かったですよね」
hope you don't mind me ... で「…なことを気になさらないと良いですが」
to put in a bit more で「もう少し入れる」
to empty this bottle で「このボトルを空にする」
ご参考まで!