（2）I can see how you feel by looking at/into your eyes.
こんばんは。
以下に2つの英訳例についてご説明いたします。
（1）「私はあなたの目の中にそれを見ることができます」
この表現はずばりご質問の日本語に当てはまると思います。直訳は「あなたの目の中にそれを見ることができます」です。
この表現で出てくる it は、会話の流れの中ですでに述べられたものを表すものとして使いました。つまり「相手が何を感じているのか」について話があった後に言うので、「それ」を表す it を使っています。
（2）「私はあなたの目を見ることによって、あなたがどう感じているかを見ることができます」
もし、全てを言葉にして言いたい場合は、I can see how you feel by looking at/into your eyes. や、I can see how you feel when I look at/into your eyes.「私はあなたの目を見るときに、あなたがどう感じているかを見ることができます」と言います。
how you feel は「あなたがどう感じるか」という意味です。1つのかたまりの名詞として扱います。what I know で「私が知っていること」というような表現の仕方と同じようなものです。
この表現のときには （1）で使った in your eyes が by looking... などの表現にかわりましたが、そこには理由があります。
it の代わりに how you feel を使ったため、直後に続く in your eyes が feel という動詞をする場所のようにも聞こえるからです。つまり「私には見えます、あなたがあなたの目の中でどう感じているかを」のようにも聞こえてしまいなんだか紛らわしいので、自然と表現の仕方を変えたくなってしまいます。
以上ですが、お役に立ちましたでしょうか。
日本 
