a subsidy (subsidies) by Tokyo Prefectural Government
東京都からの助成金、補助金を表現するなら、
a subsidy (subsidies) by Tokyo Prefectural Government
となります。
もちろん、a subsidy (subsidies) from Tokyoでも伝わると思いますが、ニュアンスが少し異なり東京という場所から届いた感があります。
東京都を正式に表現するとTokyo Prefectural Governmentとなります。前置詞もfromではなくbyが良いと考えます。