There are 52 pieces that fit in the tray but only 40 pieces are written on the document, so are you sending an incomplete amount?
「半端」は英語で「incomplete」と言えます。「数」の場合、「amount」と言います。ですので、「半端な数」は「incomplete amount」になります。
質問するとき「送ってくるの」は「are you sending?」を聞けます。全体的に「Are you sending an incomplete amount」になります。
英文を英訳したい場合、下記のようになります:
「There are 52 pieces that fit in the tray but only 40 pieces are written on the document, so are you sending an incomplete amount?」
最初の部分で「1トレー52個入りのはずなのに40個と書類に書かれていたので、」という意味です。そして、最後の部分で質問に置きます。「are you sending an incomplete amount?」は「半端な数を送ってくるの?」という意味です。