「～単位で」はよく"by the (単位)"もしくは"in a (単位）unit"と表現することができます。
例）We serve steak by the gram.
(ステーキはグラム単位でご提供しております）
That would be great if you could ship it in a box unit.
(箱単位で送っていただけると助かります）
今回の例文では扱えませんでしたが、「中途半端な数、端数」は文脈に応じて、"fraction"（本来は「分数」の意味）"odd" (本来は「偶数」）を当てられると思います。
Please ship items by the box, not by individual units. The minimum lot should be a box, not an individual unit, to make inventory management easier.
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
先のアンカーさんが回答されておりますので、ここでは他の例を挙げてみます。
Please ship items by the box, not by individual units. The minimum lot should be a box, not an individual unit, to make inventory management easier.
とすると、「半端な数じゃなくて、箱単位で送って下さい。[在庫管理](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/116372/)を簡単にできるように最小単位を1個ではなく1箱にしてください。」となります。
役に立ちそうな単語とフレーズ
inventory 在庫
参考になれば幸いです。
日本 
