Please deduct the missing items from the invoice.
Please revise the invoice to reflect the shortage.
「足りない分は引いてください」は、英語では **“Please deduct the missing items from the invoice.”** が自然です。
“deduct” は「差し引く」「控除する」という意味で、ビジネス英語でもよく使われる単語です。
「請求書(invoice)から足りない分を差し引く」という明確な指示になります。
もう少しフォーマルに言いたい場合は、**“Please revise the invoice to reflect the shortage.”**(不足分を反映するよう請求書を修正してください)という表現もよく使われます。
ここでの “revise” は「修正する」「改訂する」、そして “reflect” は「反映する」という意味です。