Indeed it's troublesome, but it must be done sooner or later.
I understand your feeling because indeed it's troublesome, but it must be done sooner or later. We can do it together.
「Indeed it's troublesome」は「確かにめんどくさい」という意味です。そのあと、「but」は「けど」を表します。最後の部分「it must be done sooner or later」は「いつかはやらなきゃ」を表します。「sooner or later」という表現はこの場面で使えると思います。直訳すれば、「遅かれ早かれ」になります。
「気持ちわかるし、確かにめんどくさいけど、いつかはやらなきゃだから、やろうねー」を英語で「I understand your feeling because indeed it's troublesome, but it must be done sooner or later. We can do it together.」と言えます。上記の文章はそのままですが最初に「I understand your feeling because」と最後の部分で「We can do it together」を追加しました。
「I understand your feeling」は「あなたの気持ちがわかる」という意味です。
「We can do it together」は「一緒にやりましょう」
ご参考になれば幸いです。