こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
『最終電車は何時ですか？』は、
What time is the last train? といえます。
『本日の最後の電車は何時に出発しますか』という言い方をするのであれば、
What time will the last train leave the station today? とも言えます。
What time is the last train? のほうが自然な感じはします。
メモ
※ bound for 『～行きの』を付け加えて、What time is the last train bound for Yokohama? とすると、『横浜行きの最終電車は何時ですか？』とも聞けますね！
参考になれば幸いです。
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