こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
『最終電車は何時ですか?』は、
What time is the last train? といえます。
『本日の最後の電車は何時に出発しますか』という言い方をするのであれば、
What time will the last train leave the station today? とも言えます。
What time is the last train? のほうが自然な感じはします。
メモ
※ bound for 『~行きの』を付け加えて、What time is the last train bound for Yokohama? とすると、『横浜行きの最終電車は何時ですか?』とも聞けますね!
参考になれば幸いです。
・**What time is the last train?**
会話でもよく使われる形です。「最終電車は何時?」とカジュアルに聞く表現です。
・**What time does the last train leave?**
「最終電車が何時に出発するか」を強調した文で、駅での案内や旅行先でもとても自然に使えます。