まだ存在しているかどうか自信がないって英語でなんて言うの？

直訳すると「I'm not confident that the university I went to will be in existence in 50 years」になると思います。

I'm not sure if the school/university I went to will be around in 50 years の方が自然だと思います。

「母校」は英語で alma materと言いますが、卒業した大学のことを指します。主にアメリカ英語だと思います。

I don't think the school/university I went to will be around in 50 years も大丈夫です。

英語にすれば、「I have no confidence that it will still exist」になります。
「I have no confidence」は「自信がない」という意味です。そのあと、「that it will still exist」は「まだ存在している」という意味です。「あるかどうか」の部分は英文にて除いましたが、無くて内容は変わりません。

上記の英文だけ、情報が足りませんので、コンテクストを付けましょう。
「most likely」は「可能が高い」を表します。「my alma mater」は「私の母校」を表します。「will be closed down」は「（未来）閉校する」という意味です。
最終的な英文は「After 50 years, most likely my alma mater will be closed down.」になります。