(2)Did you lock all the doors and windows when you left?
(3)Did you lock up (the house) when you left?
こんにちは。
ご質問の和文について3つの例を挙げさせていただきました。
★ 共通点
すべてに共通する点の1つは Did you lock を使っていることですね。これで「鍵をかけた?」という意味なります。もう1つは when you left「あなたが去ったとき」を付けている点です。これは when you left home としてもOKで、どちらも同じ意味として使えます。家の戸締まりについて話しているので、home を付けなくても意味が伝わるということです。
ただし、会話のシチュエーションから何のことか明らかな場合はそのどちらも言わなくてもOKです。
★ 相違点と感覚
そしてその後に使った言葉がいろいろあるので、その感覚などを以下にご説明します。
・everything
いつも戸締まりをするときに習慣として鍵をかけたり閉めたりしているものを表すので、わざわざ個々の名前を挙げて言わない感じです。しかし必ずこう表現するという訳ではありません。
・all the doors and windows
everything に反して戸締まりするべき箇所を具体的に言ったバージョンです。しかし everything と言ってもOK。
・lock up
これはセットでの表現ですが、up が「全部〜する」という動作完了の意味を持っているため、これで「戸締まりする(全部やりきることを含意)」という意味になります。
use up「使い切る」Listen up!「注意して聞いて!(全部ちゃんと聞いて)」のような感じですね。
なお(3)では (house) としていますが、これはなくてもOKということです。そしてこの発言をする人や場所によっては、lock up が意味するのは「店の戸締まり」などにもなり得ます。
以上ですが、お役に立ちましたでしょうか。