ご質問ありがとうございます。
「骨がポキポキ鳴る」を直訳すれば、「bones made the sound of popping」となります。もちろんこれは文法的に間違っていませんが、もっと良い表現はあります。「joints popped」や「joints cracked」の方が自然です。実は「joint」は「骨」と言う意味がなくて、「関節」と言う意味があります。
例文：
After finishing my clerical work, I stretched widely and my joints popped.
事務作業した後、大きく伸びをしたら、骨がポキポキ鳴った。
ご参考になれば幸いです。
"骨がポキポキ鳴る"
骨 - bone
ポキポキ - cracking/crunching sound
鳴る - sound
大きく伸びをしたら、骨がポキポキ鳴った。
- After I stretched, my bones made a lot of popping noises.
- My joints cracked after I did a big stretch.
- My bones made some noises after I stretched.
My joints crack.
My back/neck cracked when I stretched.
I stretched and my joints popped and cracked.
「骨がポキポキ鳴る」は、英語では bone（骨）よりも joint（関節）を使うのが自然です。
英語だと「骨が鳴る」というより「関節が鳴る・鳴らす」という感覚なので、
My bones crack. よりも
My joints crack.
がナチュラルです。
アメリカ合衆国 
