詳しいシチュエーションがわかりませんが、クラスの複数の生徒に対して "hands up" と言っているのなら、「(片手)手をあげて」という意味になりますよ。
Takuyaさんのおっしゃるように
ーRaise your hand.
ーPut your hand up.
でも「(片手)手をあげて」と言えます。
ご参考まで!
Raise your hand.
Put your hand up.
Hands up.
Put your hands up.
Raise your hand if ~.
・Raise your hand.
「手をあげて(質問の時みたいに挙手して)」
・Put your hand up.
「手をあげて」
raise your hand とほぼ同じで、教室でもよく使います。