「犯人はこいつだったのか」は次のように表現できると思います。
ーSo he's the bad guy.
「彼が犯人だったのか」
何の犯人かわからないので、bad guy「悪者」を使って言えます。
ーI guess he is the killer/murderer.
「彼が犯人のようだね」
殺人犯だったら killer や murderer を使って言えます。
ーI never thought he was the bad guy.
「彼が犯人とは思わなかったな」
犯人が意外な人だった場合、I never though ...「…とは思わなかった・考えなかった」を使って表現できます。
ご参考まで!