「犯人はこいつだったのか」は次のように表現できると思います。
ーSo he's the bad guy.
「彼が犯人だったのか」
何の犯人かわからないので、bad guy「悪者」を使って言えます。
ーI guess he is the killer/murderer.
「彼が犯人のようだね」
殺人犯だったら killer や murderer を使って言えます。
ーI never thought he was the bad guy.
「彼が犯人とは思わなかったな」
犯人が意外な人だった場合、I never though ...「…とは思わなかった・考えなかった」を使って表現できます。
ご参考まで!
So you were the culprit.
It was you all along.
You were the one who did it.
You’re the one behind it.
So you’re the killer.
So you’re the one who did it.
「だったのか」= So… / It was… all along / Turns out…
「そういうことだったのか!」の驚きや納得を出すには、
So…(なるほどね)
It was you all along(最初からお前だったのか)
Turns out…(結局〜だった)
が自然です。