My apologies, we don't have this item in stock right now. Do you mind waiting until it comes in?
ーI'm sorry but you'll have to order this item.
「すみません、こちらの商品はご注文になります」
you'll have to order ... を使って「ご注文になります」と表現します。
ーMy apologies, we don't have this item in stock right now. Do you mind waiting until it comes in?
「申し訳ありません、只今この商品の在庫を切らしています。入荷するまでお待ちいただけますか？」
在庫を切らしている場合は、このように表現してもいいですね。
to have ... in stock で「…の在庫がある」
ご参考まで！
カナダ 
