文章全体としては"I understand the meaning, but I don't understand the sentence structure"という訳となります。
英語と日本語では文構成が、前後逆だったりするので英会話を教える者としてはとっても共感します。
"I don't understand" とは"I do not understand"ですが、「分からない」や「理解できない」という時に使います。
"I lost track"というのはそのまま訳すと「道を見失った」という意味になりますが、文構成を(道を辿るように)理解しようとしてたら途中で迷ってしまった時に使える表現になります
This sentence makes sense to me semantically, but not grammatically.
semantic「意味論の」とgrammatical「文法の」を副詞形にして、それをnot A but Bの変形である、B, but not Aを使った表現になります。A makes sense to B(人)で「AがBにとって理解できる」となり、全体で「この文章は意味では分かるのに、文法では分からない。」という意味になります。