どこまで見たの - この場合は What episode are you on? でいいと思います。
Episode - 話
For example : ブラッククローバー第100話 - Black Clover episode 100.
What episode are you on ? - 今、何話目?・何話まで観たの?
How many episodes have you seen? や How many episodes have you watched? もいいと思います。
Where are you at in the story? も大丈夫です。-ストーリー(はなし)のどこまで観たの?
What episode are you on?
今どのエピソード?
これはとても自然で、ネイティブが一番よく使う聞き方です。on は「〜の途中にいる」という感覚です。
次に、
How far are you in the series?
シリーズのどのあたりまで進んでる?
これは少し説明的ですが、「進み具合」を広く聞けます。エピソード数が多い場合にも使いやすいです。