I hope vaccination will go smoothly, and you will safely be immune to Covid-19 without having any strong side effects.
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
『予防接種が無事に終わりますように』は、
いくつか言い方が考えられますが、
例えば、
I hope vaccination will go smoothly. として、
『予防接種がうまくいきますように。』と言えます。
また、
I hope vaccination will go smoothly, and you will safely be immune to Covid-19 without having any strong side effects. とすると、
『予防接種が順調に進み、強い副反応なく安全に免疫がつくこと願います。』と言えます。
メモ
immune to ～に対して免疫がある
参考になれば幸いです。
I hope your vaccination goes smoothly.
→ 「予防接種がスムーズにいくといいね」
→ “go smoothly” は「問題なく進む」という定番表現
I hope everything goes well with your shot.
→ “shot” は日常会話でよく使う
→ 友達に言うのに自然
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