The river flows very clear water. という言い方はしませんので、次のように言うと良いでしょう。
ーThe water in that river is very clear.
「その川の水はとても綺麗です」
ーThe water in the Sumida River is nice and clean.
「隅田川の水はとても綺麗です」
My favorite place is Sumida river. の Sumida River の前には the をつけて
My favorite place is the Sumida River. としてあげると良いです。
ご参考まで!