The travel expenses to the airport, beyond the area of your commuter pass.
The travel expenses to the airport, not including the area within your commuter pass.
ご質問ありがとうございます。
「交通費」はtravel expense(s)と言います。他の言い方はthe cost of travelとかthe price of travelですが、travel expensesが一番自然だと思います。
「定期券」はcommuter passです。そして、「区外」はthe area beyondとかthe area outside ofと言えます。だから、「定期区外」はthe area beyond your commuter passとかthe area outside of your commuter pass.です。
例文:出張者の定期区外で、空港に行くまでにかかった交通費のみ会社から払いますと言いたいです。
The company will pay for travel expenses to the airport, outside the area of your commuter pass.
ご参考いただければ幸いです。