I'm sorry but we can't take you if you're by yourself.
ーI'm sorry but we only take tables of two or more
「申し訳ありませんが、２名様からの入店となります」
このように間接的に言った方が角が立たないで良いのかなと思います。
ーI'm sorry but we can't take you if you're by yourself.
「申し訳ございませんが、お一人様の入店をお断りしています」
日本語の通りに言うならこのように言うのが良いかと思います。
ご参考まで！
カナダ 
