Please transfer the leftover miso soup from the pot into a container and store it in the refrigerator.
Please transfer: 「移してください」の丁寧な指示です。
the leftover miso soup: 「余った味噌汁」を表します。leftoverは料理が残っているときによく使われる表現です。
from the pot into a container: 「鍋から容器に」と具体的にどのように移すかを示します。containerはタッパなどの「容器」を指します。
store it in the refrigerator: 「冷蔵庫に保管してください」と保存場所を示しています。