Not necessarily, I wanted you to confirm whether it was necessary or not.
My request was regarding documentation during exporting. I wasn't sure where a special document was necessary or not so I wanted to run it with the exporter to make sure.
「そうじゃなくって、必要か必要でないか確認して欲しかったの」は英訳すれば「Not necessarily, I wanted you to confirm whether it was necessary or not.」になります。
まず、「Not necessarily」は「そうじゃなくて」という意味です。そして、「I wanted you to confirm 」は「確認して欲しかったの」という意味です。
最後に「whether it was necessary or not」は「必要か必要でないか」を表します。
また、「私がお願いしたかったのは輸出するときに特別な書類が必要かどうかこちらではわからないから、輸出者であるあなたに必要か不要かを確認して欲しかったの」も英訳しましょう。下記の通りになります。
「My request was regarding documentation during exporting. I wasn't sure where a special document was necessary or not so I wanted to run it with the exporter to make sure.」
ご参考になれば幸いです。
That's not what I meant. I just needed you to confirm if the document is necessary or not.
「そうじゃなくって」と伝えるには、 That's not what I meant. （私が言いたかったのはそれじゃないよ。） というフレーズが非常に自然です。
I just needed you to confirm if the document is necessary or not.
（その書類が/必要か必要でないか/を確認して欲しかっただけ/です。）
アメリカ合衆国 
