この場合、次のような言い方ができると思います。
ーThank you for taking my class.
「私の授業を受けてくれてありがとう」
ーI'm glad you were in my class.
「私の授業にあなたがいて嬉しいです」=「私の授業を受けてくれて嬉しいです」
ーIt was great teaching you.
「あなたのことを教えることができて良かったです」
ご参考まで!
ご質問ありがとうございます。
まず、「私の授業を受けてくれてありがとう」というのを「私の授業に出席してくれてありがとう」と言い直して、
Thank you for attending my class.
と表現することが出来ます。
ただ、「授業」というのが「毎回の授業」(複数)を指すのであれば
Thank you for taking my lessons.
「私の(いくつかの)授業を受けてくれてありがとう」
ということが出来ます。
ご参考になれば幸いです。