Break up what you made with the blocks and put them in the box, please.
Please break down your block creations and put them in the box.
ご質問ありがとうございます。
命令を優しくするためpleaseを最初か最後か入れる言葉できます。特に子供に使うべきですね。「バラバラにする」はbreak upと言います。break downは「崩す」という意味ですが、この話では自然に使えると思っています。
LEGOやブロックをバラバラにして片付ける時にかたくて外れない時にPlease take these blocks/legos apartとお願いできます。
ご参考になれば幸いです。