日本語に近いように訳すなら次のように言えます。
ーWhich baseball team do you cheer for?
「どの野球チームを応援してるの？」
to cheer for で「応援する」
もっと自然な言い方をするなら次のように言えます。
ーWho's your favourite baseball team?
「どの野球チームが好き？」
ーWhich major league baseball team do you like?
「どのプロ野球チームが好き？」
ご参考まで！
おっしゃられている内容は、以下のようにも表現できると思いました(*^_^*)
Which baseball team are you rooting for?
「どっちの野球チームを応援しているの？」
＊このように進行形にすると、例えば、テレビを見ている場面で、「今はどっちのチームを応援しているのか？」と尋ねる言い方です。
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)
カナダ 
日本 
